楼上种菜防水需要先选择合适的防水材料，如防水油毡、防水涂料等，将其涂抹在屋顶上。然后在防水层上铺设保护层，如泡沫板或防水卷材，再在其上种植蔬菜。

在种菜过程中需要注意避免过度浇水，以免破坏防水层，同时也要注意积水，及时清除雨水，保持通风透气，以避免病虫害的滋生。