发酵用的菌种有很多种，常见的有乳酸菌、酵母菌、霉菌和枯草芽孢杆菌等。这些菌种在发酵过程中起着不同的作用，例如乳酸菌可以产生乳酸，降低环境pH值，抑制有害微生物生长；酵母菌则可以分解糖类，产生酒精和二氧化碳；霉菌则可以分解有机物质，产生各种酶和有机酸等；而枯草芽孢杆菌则可以分泌多种酶类，促进饲料中复杂有机物的分解。