在Linux中，通过终端运行程序和直接运行程序的主要区别在于它们的运行环境和持续性。

首先，当你在终端运行程序时，你实际上是在一个命令行环境中启动它。这意味着你可以通过命令行参数与程序进行交互，可以更容易地捕获程序的输出，也可以更容易地将其与其他命令或程序结合起来使用。此外，通过终端运行程序还可以让你在后台运行程序，即使你关闭了终端窗口，程序也会继续运行。

其次，直接运行程序通常意味着你在图形用户界面(GUI)中启动它，比如通过点击程序图标或从应用菜单中选择它。在这种情况下，你通常不能与程序进行命令行交互，而且一旦你关闭了程序的窗口，程序就会停止运行。

总的来说，通过终端运行程序提供了更多的灵活性和控制力，而直接运行程序则更加简单直观。选择哪种方式取决于你的具体需求和偏好。