安徽农保患者在南京脑康医院住院的报销比例和金额具体如下：

报销比例：根据医院级别，一级医院的报销比例为65%。

报销金额：住院最高可报销800元，住院报销的比例为40%，一年最高可报销6000元。

请注意，这些信息仅供参考，具体的报销比例和金额可能会根据实际情况而有所差异。在就诊前，建议咨询当地农保管理机构或南京脑康医院，了解清楚报销政策和流程，以免造成不必要的麻烦。