如果库管亏库，首先应该查明亏库的原因，并根据具体情况进行相应的处理。一般来说，如果亏库是由于库管员的疏忽或管理不善造成的，那么应该由库管员承担相应的责任，并进行赔偿。

具体的赔偿方式可以根据具体情况而定，以下是一些可能的赔偿方式：

1. 按照损失的价值进行赔偿。如果亏库的损失可以计算出来，那么库管员可以按照损失的价值进行赔偿。例如，如果亏库的物品价值1000元，那么库管员可能需要赔偿1000元。

2. 按照工资比例进行赔偿。如果亏库的损失较小，或者库管员没有足够的资金进行赔偿，可以考虑按照工资比例进行赔偿。例如，如果库管员的月薪是5000元，那么他可以按照月薪的比例进行赔偿，比如赔偿损失的10%或20%。

3. 进行劳动抵偿。如果库管员无法支付赔偿，可以考虑让其通过劳动抵偿的方式进行赔偿。例如，可以让库管员在一定期限内无偿工作，以抵偿亏库的损失。

需要注意的是，具体的赔偿方式应该根据具体情况而定，并且应该合理、公正、合法。如果涉及到违法行为，应该依法追究相关责任人的法律责任。