如果公司发出的停工邮件中特别强调需要回复，则需要按邮件所述时间及格式回复。如果没有特别说明，一般可以采取默许的方式视为理解和遵守。但是，为了保险起见，建议在邮件文本结束时附上感谢或确认回复，以体现职业素质和积极态度。