购房者购买第二套及以上的住房需要缴纳契税。如果您本来只有一套房产，但在交契税时被认为已经有了三套房产，可能是因为以下情况所导致的：

1. 您在购买房产时有使用别人名字的情况，例如父母或子女等，使得所有房产的所有权不明确。

2. 您在购买房产时，前几次的房产交易中可能有一些没有按规定缴纳税费或出现问题，导致所有交易的房产数量被算成三套。

此外，有些地方政策规定，如果您是以夫妻共同购买的方式买的第二套房产，也可能会被算作是每个人都买了一套房产。

如果您在交契税时发现问题并无法解决，可以向当地税务部门咨询相关政策，或者委托律师代理维权。