流动厕所处理粪便的方式有多种，其中最常见的是通过化学处理和生物处理。

化学处理是将粪便放入一个密闭的化学反应器中，加入一定量的化学药品，进行化学反应。

反应后的物质会转化为无害的化学物质，可以通过排放口排放。

生物处理是将粪便放入一个生物反应器中，通过微生物的代谢作用将粪便分解。

这种方法对环境的污染较小，处理后的物质可以作为有机肥料或生物质燃料使用。

无论是哪种处理方式，都需要注意处理过程中的卫生和安全问题，以避免对环境和人体造成影响。

同时，对于处理后的物质也需要妥善处置，避免对环境造成污染。