法律风险：注册个体户需要遵守一定的管理规定和税收制度。如果员工不了解相关规定或违反规定，可能会导致法律问题，例如被追缴税款等。
社保风险：个体户并未纳入企业年金和社会保险体系，如工伤保险，养老保险，医疗保险以及失业保险等等。如果员工注册个体户后未能及时缴纳相应的社保费用，将可能损害到自己的权益。
个人信用风险：作为个体户，员工需要自己承担全部责任和风险，一旦出现经营问题，可能会影响个人信用记录，甚至影响到个人的贷款、信用卡等申请。
劳动关系风险：注册个体户后，员工很可能需要独自承担经营风险，不再被视为企业的员工，该员工的劳动关系将会发生改变。如果公司没有与员工达成明确的协议，员工可能会失去工伤赔偿、生育保险等福利待遇。