主要在于其法律实体不同因为个体企业号属于个体工商户，其所有权归属于个人，没有独立的法律实体，所以企业与个人财产权和赔偿责任是混淆的，并且个体企业一般规模较小，往往只具备单纯经营能力；而公司企业号则是具有独立法律实体的企业，其所有权及财务责任与股东无关，一般规模较大，具备完整的企业运作架构及经营能力。

此外，个体企业号申请简单、手续较为简便，但没有公司企业号的品牌效应和公信力。

相比之下，公司企业号的品牌形象更有重量，更容易获得公众信任，是长期稳定发展的重要保障。