商铺加盖夹层是否合法，需要根据具体情况判断。一般来说，如果开发商在兴建商铺时的报建方案中存在夹层，那么开发商兴建的夹层是合法的；反之，如果报建的方案中没有夹层，兴建夹层可能被视为违法，不被允许。
此外，根据《房屋使用安全管理条例》，禁止任何单位和个人从事下列危害房屋使用安全的行为：
未经原设计单位或者具有相应资质等级的设计单位提出设计方案，变动建筑主体和承重结构。
降低底层室内标高。
超过设计标准、规范，增加房屋使用荷载的。
安装设施、设备影响房屋结构安全的。
法律、法规以及（临时）管理规约禁止的其他危及房屋使用安全的行为。