发酵是利用微生物的代谢活动来生产各种物质，而常用于发酵的微生物主要包括细菌、真菌、酵母等。其中，乳酸菌是常用于生产酸奶、酸菜等食品的微生物，产生的乳酸可增强食品的口感和营养价值；酿酒酵母则是生产啤酒、米酒等饮品的重要微生物，其代谢过程会产生大量的二氧化碳和乙醇；青霉菌则可用于制备青霉素等抗生素。此外，还有许多其他微生物，如乳酸杆菌、曲霉菌、醋酸杆菌等，均可用于发酵生产中。