农村自建房楼顶应设计好排水系统，做好防水处理，安装合适的天沟和排水管道，保证屋顶积水能够迅速排出，避免因积水导致楼房损坏或渗漏。

排水管道要选择质量可靠、防腐蚀、耐久性强的材料，做好接口处的密封处理。同时定期检查和维护排水系统，保持管道畅通和排水顺畅，延长屋顶的使用寿命。