深圳东站分为地面一层、二层和地下一层三个楼层，与龙岗线接驳主要从地面一层从东站A出入口进入，而环中线则从地下一层与东站连接。

深圳东站三个楼层的功能设置不同，在地下一层，东西广场分别设有一个停车场和出租车站。而在地面一层，东西广场两侧各自设有一公交站。