东莞境内目前通行的铁路线路有三条：广深铁路、莞惠城际铁路、广深港高速铁路（即穗莞深城际铁路）。

其中广深铁路是东莞最早建成的铁路，南北贯通，全长62公里，设有8个站点，包括东莞站、东莞东站、常平站等。莞惠城际铁路是连接莞城和惠州的城际铁路，全长29.9公里，其中在东莞境内设置了塘厦站、东莞站等站点。穗莞深城际铁路则贯穿东莞东部，连接南方城市群，包括了市中心站、东莞东高铁站、虎门高铁站等站点。