建行商户贷超过50万的使用方法如下：

如果贷款额度超过50万，可以采用受托支付或划拨至共同借款人在建设银行开立的单位结算账户。

如果已经拥有建行的对公户，可以直接将贷款一次性发放到该账户中。

如果还没有对公户，可以先将50万贷款发放到个人账户，然后再开设对公户，再将剩余的贷款金额发放至对公户。

以上信息仅供参考，具体使用方式可以咨询银行工作人员。