农村厕所挖三个坑的主要原因是为了方便处理和利用粪便。第一个坑用于存放新鲜的粪便，第二个坑用于储存发酵后的粪便，第三个坑则用于最终的腐熟，使其成为有机肥料。

这种方式不仅可以减少臭气和病菌的传播，还能将厕所产生的有机废物变废为宝，提高农民的生活质量和经济收益。此外，三个坑的设计也能保证厕所的连续使用，不会造成停用期，确保了人们的健康卫生。