事业单位编制内职工签劳动合同和企业单位签订合同的主要不同在于：事业单位的编制内职工是按照政府规定招聘的，拥有稳定的岗位和待遇，工作内容和职责也由政府规定，因此签订的劳动合同一般比较固定且具有较高的保障性。

而企业单位的合同则更加灵活，根据企业的实际情况和市场需求进行调整，工作内容和职责更加多样化，合同中的条款也更加多样化，需要双方协商确定。