河豚毒素并不是河豚自己产生的，而是来源于一种特别的细菌。这种细菌通过寄生在浮游生物上进入河豚，或者直接寄居在河豚体内。而河豚能够耐受这种毒素，并且用它来作为与天敌同归于尽的手段。

有些种类的河豚沉积毒素的能力很低，经过人工培育并且控制养殖条件，实际上已经无毒了。2016年，国家放开了红鳍东方鲀和暗纹东方鲀的经营。获得经营资质的单位，就可以合法地经营这两种养殖的河豚，而消费者也就可以放心食用。