员工旷工造成的损失可以通过以下方式进行处理：

1. 罚款：公司可以根据企业规定，对旷工的员工进行罚款，以此来惩罚违规行为。

2. 减少工资：员工旷工所造成的工作量增加，可以根据员工的工作量来减少员工当月的薪水。

3. 扣减绩效奖金：公司可以根据员工绩效奖金的规定，对旷工的员工进行扣减。

4. 手动调整休假时间：如果员工旷工时间较长，公司可以手动调整员工的年假、事假等休假时间。

5. 终止劳动合同：对于严重旷工的员工，公司可以根据劳动合同规定，终止员工的劳动合同。