具体操作程序如下：

一、各村村委会负责本村各农户小麦、玉米、棉花实际良种种植面积数据统计工作，并对农户上报的良种种植面积的真实性负责。良种补贴实行村级公示制度，公示内容包括农户良种补贴面积、补贴标准、补贴金额等，公示时间不少于7 天，各乡镇、村要留有公示影像资料。公示7天得到农民认可、由村委会主任及填表人在汇总花名册上分别签字并加盖村委会公章后，上报各乡镇人民政府。

二、各乡镇负责将村委会上报的良种补贴花名册予以审核并汇总，并对良种补贴面积、补贴金额汇总数据的真实性负责，尔后上报县农业局。

三、县农业局对各乡镇上报的良种补贴面积和补贴金额进行核准，签署意见后，上报县政府审批。

四、县财政局按照农业局核实并经县政府批准报来的各乡镇良种实际种植面积、良种补贴金额，将资金下拨到各乡镇财政所良种补贴资金专户（各乡镇原农合行粮食直补专户），各乡镇财政所通过农民补贴网，并以“一折通”或“一卡通”的形式将良种补贴资金发放到农户手中。

五、资金管理：各乡镇财政所在资金发放过程中要严格坚持“五不准”原则，即：一不准以村委会名义集体领取良种补贴资金；二不准以各种名义代发代领良种补贴资金；三不准抵扣各种款项和税费；四不准以任何理由、任何方式暗箱操作；五不准截留、挤占和挪用良种补贴资金。另外，各乡镇财政所还要做好良种补贴资金发放表及相关资料的档案管理工作，以备省、市、县检查验收。

六、县农业局和县财政局分管负责人及相关人员将对各乡镇、村的良种补贴面积和资金发放情况进行验收考核，发现问题及时纠正，对违法违纪的将依照《财政违法行为处罚处分条例》的有关规定处理。