在等待期内的体检发现的问题，对保险合同的影响要视具体情况而定：

如果在等待期之内去检查发现有问题，在等待期之后才确诊疾病，需要看保险公司是以哪个时间点作为赔付依据。有些保险公司会以发病的时间为标准，如果是在等待期当中去检查，有了发病记录的话，就只能是除去这部分疾病保障，甚至是终止合同。还有些保险公司的赔付标准是只要是在等待期之后确诊，就享有保障。

如果是出现了身体不适，需要体检的情况，在等待期内发现的问题不会影响保险合同，但是如果在等待期内出现了身体不适，需要体检的时候，就不能考虑体检了。

综上，如果在等待期内身体查出问题来，很可能不会获得理赔，还会有终止合同的可能。但是在等待期外确诊疾病的话，享有正常的保障权益。如有疑问，建议咨询专业的保险顾问。