内蒙古的幻影紫芯萤石是由于地质变化造成的。在矿物形成过程中，含有钙、镁离子的岩浆液渗入经变质或沟堆沉积变质后的岩石内部，并不断地充注和沉淀，最终形成晶体。紫色晶粒和晶粒周围的略带白色晕影形成了幻影样的紫芯效果。

同时，这种萤石还含有少量其他金属元素，如铁、锰等，使其呈现出灰、绿、褐、黄等颜色。这些特殊的条件使得内蒙幻影紫芯萤石成为了稀有的宝石级矿物。