福建平和长乐农村自建房的层数是有限制的，根据《福建省平和县干部村民自建房管理暂行办法》，农村自建房居住建筑物实行两层及以下，砖混结构房屋的建筑面积不得超过120平方米，简易房屋不得超过60平方米的限制。

因此，农村自建房的层数不超过两层，具体建筑面积可以根据相关规定来合理设置。