公司经营困难全员降薪不一定合法。虽然公司在经营困难时面临一定的经济压力，但这并不意味着可以随意降低员工的工资。

首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。这意味着，如果公司想要全员降薪，必须与员工进行充分的协商，并达成一致意见。如果员工明确表示反对降薪，那么公司不能单方面强制降薪。

其次，即使员工同意降薪，公司也需要确保降薪行为符合法律法规的规定。例如，降薪不得低于当地的最低工资标准，且降薪幅度和方式应当合理，不能带有侮辱性或惩罚性。此外，公司还需要确保降薪行为不侵犯员工的合法权益，如不违反劳动合同中的约定等。

最后，如果公司未经协商或违反法律规定进行全员降薪，员工有权依法维护自己的权益。员工可以向劳动监察部门投诉举报，要求公司纠正违法行为；也可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼，维护自己的合法权益。

因此，公司在经营困难时想要全员降薪，必须遵守法律法规的规定，与员工进行充分协商，并确保降薪行为合法、合理、公正。