种植莪术时防止腐烂的关键在于采取综合防治措施，包括农业防治、生物防治、物理防治和化学防治等方法。以下是一些具体的防治措施：

农业防治

选种与种苗繁育：选择个体完整、芽眼齐全、健壮、经检疫无病虫的种茎进行繁殖，确保种植材料的健康。

合理密植：畦宽宜为100 cm120 cm、高宜为20 cm25 cm，行株距宜为35 cm×30 cm，以保证植株间良好的通风和光照条件，减少病害的发生。

合理施肥：根据土壤肥力水平，施足基肥，按每667 m2施有机肥400 kg500 kg，7月下旬，每667 m2追施三元复合肥（15:15:15）45 kg～75 kg，同时可施入有效活菌数≥2亿/g的微生物菌肥4 kg5 kg，增强植株的抗病能力。

田间管理：

防止大水漫灌，保持土壤湿度在40％~50％，避免过湿导致的病害。

生长期应及时剪除过密枝叶，清除黄叶、落叶和病叶；拔除发病严重的病株，集中烧毁或深埋，并在病穴中撒生石灰消毒。

冬季收获后，彻底清洁田园，及时翻耕晒土，减少病原菌的越冬基数。

合理轮作：实行水旱轮作，或与禾本科作物轮作23年，打破病原菌的生命周期，减少土壤中病原菌的积累。

生物防治

叶斑病生物防治：叶斑病发病初期，可用有效活菌数≥1 000亿/g枯草芽孢杆菌可湿性粉剂，稀释500～800倍液喷雾，每7d～10d施用一次，连用2～3次。或有效活菌数≥3～5亿/g哈茨木霉菌可湿性粉剂稀释300倍液喷雾，每7 d～10 d施用一次，连用2～3次。

根腐病生物防治：在根腐病发病初期，可使用80％乙蒜素乳油稀释2 000～3 000倍后灌根，每7 d～10 d施用一次，连续2～3次。

化学防治

当田间病株率达10％~15％时，应参照相关技术规程推荐使用的化学药剂及使用方法进行防治。化学防治应符合农药合理使用准则，避免过量使用化学农药，减少对环境和人体健康的影响。

物理防治

排水管理：确保田间良好的排水系统，避免积水和土壤过湿，减少根部腐烂的风险。

土壤消毒：对于发病严重的地块，可以采用土壤消毒剂进行处理，减少病原菌的数量。

通过上述综合防治措施，可以有效减少莪术种植过程中腐烂的发生，保障莪术的健康生长和提高产量。同时，应根据实际情况和当地的气候、土壤条件，灵活调整防治策略，以达到最佳的防治效果。