医保账户余额查询有钱但在药店查询余额是零的原因如下：

1、您单位根本就没替你们交社保，所以卡里没有钱。

2、有可能交了钱了，但医保卡需要充值。您可以拿卡到医保专用的机器上把每个月归你的钱充到卡上，只要操作一下就可以了，到定点医院或者定点的药店都可以充的。