海马S5着车5秒后自动熄火，可能涉及多个系统的问题，具体分析如下：

首先，点火系统故障可能是主要原因之一。例如，点火线圈损坏、火花塞故障或点火模块故障都可能导致车辆自动熄火。

其次，燃油系统问题也可能导致这种情况发生。这包括燃油泵故障、燃油滤清器堵塞以及燃油喷射器故障等问题。如果燃油泵无法正常工作，或者燃油滤清器堵塞导致燃油供应不畅，都可能导致车辆启动后短时间内熄火。

再者，电气系统问题也是不容忽视的因素。例如，电池电量不足、发电机故障或启动机故障都可能导致车辆无法维持正常运行。

此外，机械故障也可能导致海马S5自动熄火。例如，正时带断裂、曲轴位置传感器故障或凸轮轴位置传感器故障等机械问题，都可能影响车辆的正常运行。

最后，空气系统问题也可能导致这种情况。例如，空气滤清器堵塞或进气管道存在堵塞或漏气等问题，都可能影响发动机的正常运行。

综上所述，海马S5着车5秒后自动熄火可能是由多种原因导致的。为了解决这个问题，建议车主对点火系统、燃油系统、电气系统、机械系统和空气系统进行逐一排查，找到问题的根源并进行相应的维修或更换部件。如果问题依然存在，建议将车辆送至专业的维修站进行检查和维修。