南港进去待渡区要等待的时间视情况而定。如果是高峰期或节假日，人流量大，等待的时间可能较长，需要耐心等待。

如果是非高峰期，且运营情况良好，船舶进出港口顺畅，那么等待时间可能较短。此外，天气情况也会影响待渡时间，如遇到大风等恶劣气象，则可能暂时停航，造成等待时间延长。一般来说，建议提前了解港口状况及天气情况，做好合理安排，以减少等待时间。