如果公司社保已经申报但未缴纳，应该及时制定解决方案，并与相关部门进行沟通协商。一般情况下，可以联系相关社保部门咨询是否可分期缴纳或者提出还款计划。同时，公司应该尽早向员工进行说明和处理，以及保障员工权益，确保其社保福利不受影响。如果公司长期未缴纳社保，将会面临罚款、法律责任等后果，应及时采取措施纠正问题。