电瓶车的车库设在高层负一楼是否合法，需要根据当地的相关法规来判断。一般来说，如果该楼属于商业或住宅用途，所有车位和车库都需要符合相关规定并经过审批才能合法使用。此外，如涉及到消防等安全问题，也需要符合相应的规定。

因此，如果该电瓶车车库设在高层负一楼符合相关法规，则是合法的，反之则是不合法的。