鸸鹋的孵化可采用自然孵化和人工孵化两种方法。自然孵化一般由雄鸟孵化，优点是孵化率高，缺点是孵化量较少。一只雄鸟只能孵化8〜10枚卵，而且使产卵量减少。人工孵化可以克服自然孵化的缺点，采用变温孵化法，孵化0〜30天，孵化温度37°C，相对湿度40%。

孵化31天至出雏，孵化温度36。5°C，相对湿度50%。孵化过程中每2小时翻卵1次，翻转角度为90度，入孵30天后开始晾卵，每天3〜4次，每次10〜30分钟。人工孵化的孵化期为48〜52天，初生雏重400〜500克，孵化失重率为10%〜15%。

雏鸟出壳后应在孵化机内停留24小时，然后移入育雏箱。育雏箱用红外线灯加温，1〜5日龄时温度维持于35-C左右，以后逐渐减温。20日龄以后移出育雏箱，放入地面铺草的房间中放养，灯下温度控制在20°C左右。