北京港澳通行证人工签注的办理时间需要视申请人数量而定，需提前预约并递交所有材料，一般需要3-5个工作日左右完成签注。部分特殊情况可能需延长办理时间，如签证申请量大、旅游旺季等。

申请人在办理签注时应认真填写申请表和准备相关证件，以免造成不必要的误差和延误。