如果社保断交两年，新公司可以采取以下措施：

1. 自用工之日起三十日内为职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记，缴纳社保费用。

2. 正常申报缴纳社会保险费，不可因不可抗力等法定事由缓缴、减免。

3. 职工应当缴纳的社会保险费由新公司代扣代缴，新公司应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。

不同地区可能有不同的社保缴纳政策和规定，新公司可依据当地政策选择合适的方式为职工缴纳社保。