要在支付宝上注销新农合医保卡，可以按照以下步骤操作：

1. 打开支付宝应用，登录自己的支付宝账号。

2. 在支付宝首页上方的搜索栏中，输入和搜索“新农合”。

3. 在搜索结果中，找到并点击“我的新农合”选项。

4. 进入“我的新农合”页面后，点击页面上方的“注销医保卡”按钮。

5. 根据页面提示，填写个人信息和注销原因，并且确认信息准确无误。

6. 提交注销申请后，等待相关部门审核并处理注销请求，一般需要一段时间。

需要注意的是，在申请注销新农合医保卡之前，务必确保自己没有需要使用该医保卡的医疗需求，以免造成不便。