南水北调工程与离井两米的井是否收走，需要具体情况具体分析。一般来说，如果这口井影响到南水北调工程的实施，比如需要占用井的位置或者井的水质不符合工程要求等，那么有可能会被收走。但是，如果这口井并不影响工程的实施，那么就不会被收走。具体情况需要咨询当地政府部门或者南水北调工程的相关负责人。