呼伦贝尔有许多河流，最有名的三条河流分别是海拉尔河，额尔古纳河和根河。

海拉尔河发源大兴安岭，全长715公里，河的上游流经大兴安岭，下游流人呼伦贝尔，因此命名海拉尔河。

额尔古纳河很有名，是黑龙江的上游，还有景区额尔古纳湿地，是蒙古族人们的母亲河。

根河市就是因为这条河命名的，流域1.58万平方公里，流经面积广阔孕育了许多生态文化。