深咖色菩提根并非真正的染色，而是经过一种特殊的加工处理方法。这个加工过程是通过将菩提树根经过清洗剥皮后，暴晒数天后，在特定温湿度下加工处理。

这个处理过程中使用了氢氧化钠、碳酸氢钠和苯乙烯等化学物质，以及高温烘烤，使原本的白色菩提根变成深咖色。

这个过程中，化学物质被完全溶解和脱除，并且经过水洗处理，不会对人体造成任何危害。因此，可以说深咖色的菩提根不是真正的染色，而是一种加工处理方法。