书院镇隶属于上海市浦东新区，位于浦东国际机场和洋山深水港之间，东临大海，南接泥城镇，西至万祥镇，北与老港镇隔大治河相望。

2003年5月，书院镇由原新港镇、书院镇、东海农场合并而成，面积65平方公里。