酸奶疙瘩是由酸奶制作的一道甜品。关于酸奶疙瘩是否有活菌，这需要看具体的储藏条件。一般来说，超市里售卖的酸奶可以根据储藏条件来区分，常温保存的都是经过杀菌处理的，基本没有活菌；冷藏保质期为半个月左右的含有部分活菌，冷藏2-3天的活菌相对多一些。

因此，如果你想要补充益生菌，建议选择含有活菌的产品，或者直接补充益生菌粉。