函授毕业的档案转入合并的流程主要取决于个人档案当前的状态和工作单位性质，相关流程如下：

如果已在国企或事业单位工作，可以将函授档案送至单位的人事管理部门。人事部门会将函授档案与个人人事档案合并，并继续存放在单位123。

如果个人档案在人才中心，可以指示学校将函授档案邮寄至相应的人才中心。随后，前往人才中心办理合并存档手续1234。

如果所有学历的档案都在个人手中，需先找到有档案管理权限的机构办理档案激活。然后进行档案合并存档，并将档案存入人才中心123。

如果函授学历之前的档案在学校或教育局，需先将这些档案转至人才中心，再进行函授档案的合并存档。需要注意的是，教育局通常不负责档案的合并工作123。

此外，如果档案存放地要求公对公处理，可以联系毕业院校或第三方档案服务机构协助处理45。对于非普通高校毕业生，如自考、成人教育等，人才中心通常不收非统招学历档案。在这种情况下，需要提供相关的学历认证报告或查询结果，并将所有档案材料一同转入以避免重复建档6。