一卡通是一种多功能智能卡，可用于公交、地铁、购物等支付，具有充值、消费、查询等功能。而三代社保卡是一种用于医疗保险和社会保障的卡片，可用于医疗费用结算、社保待遇领取等，具有身份认证、医保支付等功能。

两者的主要区别在于用途和功能，一卡通更注重支付和便利性，而三代社保卡更注重医疗保险和社会保障方面的功能。