云南水质最好的城市是丽江市。丽江位于云南的西北部地区，那里的水清澈见底，没有大的杂质。此外，香格里拉境内的金沙江上游水质也相当不错。云南省的九大湖泊中，抚仙湖、泸沽湖、洱海、程海等的水质都很好，清澈见底。

但请注意，饮用水质会因季节和具体水源地不同而有所变化。如果您对当地的水质有疑虑，建议您咨询当地环保部门或卫生部门以获取最新的水质信息。